Whiskyens historie strækker sig langt tilbage i tid — længere end mange moderne drikkere er klar over. De tidligste optegnelser om destillation i De Britiske Øer stammer fra middelalderens klostre, hvor munke omkring 1100-tallet lærte kunsten at destillere fra irske missionærer, som selv havde bragt viden med sig fra Middelhavet og den arabiske verden. Den destillerede væske, aqua vitae — livets vand — blev oprindeligt fremstillet som medicin.
Den første konkrete skriftlige omtale af whisky findes i det skotske skatkammerregister fra 1494. Her nævnes en munk ved navn John Cor, som modtog otte bolls malt til at fremstille aqua vitae. Otte bolls svarer til omkring 500 kilogram malt — nok til at producere en betydelig mængde spiritus. Registreringen antyder, at destillation allerede på dette tidspunkt var en etableret praksis.
Otte bolls malt til broder John Cor for at fremstille aqua vitae.
Op gennem 1500- og 1600-tallet spredte destillation sig fra klostrene ud i landbosamfundene. Efter reformationen mistede klostrene deres monopol, og bonden begyndte at destillere sin overskudsbyg. Whisky blev en integreret del af det skotske og irske landliv — og en betydelig indtægtskilde.
Den skotske krone indførte skat på whisky i 1644, hvilket skabte to parallelle virkeligheder: en lovlig, beskattet produktion i lavlandene og en omfattende ulovlig destillation i højlandene. Smuglertraditionen blomstrede i næsten to århundreder og formede den skotske whiskykultur på måder, der stadig kan mærkes.
Excise Act af 1823 markerede et vendepunkt. Loven sænkede afgifterne og legaliserede de mange små destillerier, der havde opereret i skjul. Snesevis af de destillerier, der stadig eksisterer i dag — Glenlivet, Highland Park, Talisker og mange andre — kan spore deres lovlige historie tilbage til denne periode.
I 1831 opfandt den irsk-fødte Aeneas Coffey en kontinuerlig destillationsapparat, kolonnebrænderen, som muliggjorde industriel produktion af neutral grainwhisky. Dette blev grundlaget for blended whisky — en stil, der forenede den kraftige pot still-spiritus med den lettere grainwhisky.
Anden halvdel af 1800-tallet blev whiskyindustriens gyldne æra. Andrew Usher, John Walker, James Buchanan, John Dewar og andre pionerer opbyggede globale mærker baseret på blended scotch. Da druen phylloxera-plagen i 1870'erne ødelagde det franske cognac-marked, overtog skotsk whisky rollen som den engelske overklasses foretrukne spiritus.
Det 20. århundrede bragte både katastrofer og innovation. Forbudstiden i USA fra 1920 til 1933 lammede eksporten. Anden Verdenskrig medførte kornrationering og lukning af mange destillerier. I mellemkrigsårene lagde Masataka Taketsuru grundlaget for japansk whiskyfremstilling.
Efter Anden Verdenskrig konsoliderede den skotske industri sig hastigt. I 1988 lancerede United Distillers Classic Malts-kampagnen, hvor seks single malts — herunder Lagavulin, Talisker og Glenkinchie — blev markedsført som repræsentanter for hver deres skotske region. Kampagnen genoplivede den globale interesse for single malt.
Fra 2000'erne og frem har whiskyverdenen oplevet en renæssance. Nye destillerier er åbnet i Indien, Taiwan, Australien, Sverige, Danmark, Israel og talrige andre lande. Amrut, Kavalan og andre producenter uden for de traditionelle whiskylande har vundet international anerkendelse. I dag er whisky en global spiritus med rødder i middelalderen og fremtidsudsigter, der strækker sig langt ind i det 21. århundrede.