Japansk whisky er blevet et globalt fænomen i det 21. århundrede, men industriens rødder rækker tilbage til begyndelsen af 1900-tallet — og til en enkelt ung kemikers rejse fra Hiroshima til det skotske højland.
I 1918 rejste Masataka Taketsuru, der da var 24 år gammel, til Skotland for at studere kemi ved University of Glasgow. Han var udsendt af sit japanske arbejdsgiverfirma med det formål at lære den skotske whiskys hemmeligheder at kende og bringe viden hjem. Taketsuru fik praktisk erfaring på destillerierne Longmorn på Speyside og Hazelburn i Campbeltown, og han førte detaljerede notesbøger, der senere skulle danne grundlag for den japanske whiskyindustri.
Taketsuru vendte hjem til Japan i 1920 sammen med sin skotske hustru, Jessie Roberta Cowan — bedre kendt som Rita. I 1923 blev han hyret af Shinjiro Torii, grundlægger af Kotobukiya (senere Suntory), til at bygge og drive Japans første maltwhisky-destilleri i Yamazaki, syd for Kyoto. Stedet blev valgt for sin renhed af vand og sit klima med markante sæsonvariationer.
Efter ti år hos Suntory forlod Taketsuru virksomheden for at etablere sit eget destilleri — Yoichi — på øen Hokkaido, hvor klimaet mest lignede Skotlands. Han grundlagde Nikka i 1934, og de to virksomheder — Suntory og Nikka — har siden udgjort ryggraden af den japanske whiskyindustri.
Gennem det 20. århundrede udviklede japansk whisky en distinkt filosofi, der lånte teknikker fra Skotland men lagde vægt på subtilitet, balance og æstetisk præcision. Japansk kultur — med dens dybe respekt for håndværk, sæsoner og detalje — prægede alle aspekter af produktionen.
I 1980'erne og 1990'erne var japansk whisky primært et hjemmemarked. Det ændrede sig dramatisk i 2001, da Nikkas Yoichi 10 Year Old vandt Best of the Best i Whisky Magazines internationale konkurrence — den første gang en japansk single malt slog de skotske klassikere i en blindsmagning. Yamazaki, Hakushu og Hibiki fulgte efter med en række internationale anerkendelser.
I 2001 slog en japansk single malt for første gang de skotske klassikere i en blindsmagning.
Efterspørgslen efter japansk whisky voksede eksplosivt fra 2010'erne, delvist drevet af den amerikanske serie Mad Men og en generel bølge af interesse for japansk kultur i Vesten. Suntory og Nikka blev nødt til at trække aldersangivne udgaver af markedet, fordi deres lagre af moden whisky var utilstrækkelige til at møde efterspørgslen.
I 2021 indførte den japanske whiskyindustri for første gang en formel definition af, hvad japansk whisky må kaldes: whisky, hvor mæskning, gæring, destillation og lagring alle finder sted i Japan, med minimum tre års lagring på japansk jord. Reglerne var et svar på voksende bekymringer om, at nogle mærker importerede skotsk eller canadisk spiritus og aftappede den i Japan under det japanske label.